پایان نامه بررسی باکتری های احیاء کننده سولفات در عفونت های روده بزرگ و آپاندیسیت

اختصاصی از کوشا فایل پایان نامه بررسی باکتری های احیاء کننده سولفات در عفونت های روده بزرگ و آپاندیسیت دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .

فرمت فایل : WORD (قابل ویرایش)

تعداد صفحات:87

پایان نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد در رشته زیست شناسی  (M.A)
گرایش: میکروبیولوژی

فهرست مطالب:
عنوان                                               شماره صفحه
چکیده    1
فصل اول: کلیات تحقیق
مقدمه    3
1-1- مورفولوژی روده بزرگ    4
1-1-1 سکوم و آپاندیس    4
1-1-2 کلون    5
1-2- بیماری¬های روده بزرگ    6
1-2-1 آپاندیسیت    6
1-2-2 عفونت¬های داخل شکمی    7
1-2-3 بواسیر    7
1-2-4 سرطان روده بزرگ    7
1-3- فلورروده    8
1-4- نقش¬های مهم فلور طبیعی روده    10
1-5- تاثیر آنتی بیوتیک¬ها برروی فلور روده    12
1-6- علایم خارج شدن توازن باکتری¬های روده    13
1-7- پروبیوتیک¬ها    13
1-8- منافع مصرف پروبیوتیک¬ها    13
1-9- اشکال پروبیوتیک¬ها    14
1-10- پری بیوتیک¬ها    14
1-11- باکتری¬های بی¬هوازی احیاکننده سولفات    15
1-12- نقش باکتری¬های احیا کننده سولفات در طبیعت    15
1-13- نقش باکتری¬های احیا کننده سولفات  در صنعت نفت    16
1-14- خوردگی میکروبی    16
1-15- واکنش¬های احیای ترموشیمیایی سولفات    17
1-16-  سیستم¬های آلوده به SRB    17
1-17- اهداف، فرضیات و پرسش اصلی پژوهش    18
1-17-1 اهداف اصلی    18
1-17-2 اهداف اختصاصی    18
1-17-3 اهداف کاربردی    18
1-17-4 فرضیات پژوهش    18
1-17-5 پرسش اصلی پژوهش    18
فصل دوم: پیشینه پژوهش
2-1- پژوهش¬های انجام گرفته در سطح جهان    20
2-2- پژوهش¬های انجام گرفته در ایران    23
فصل سوم: روش شناسی تحقیق
3-1- مواد و روش کار    25
3-2- محیط کشت مورد نیاز    26
3-3- انتخاب بیماران مورد نظر برای نمونه¬برداری    26
3-4- ارزیابی تاثیر آنتی بیوتیک ها برروی باکتری¬های  SRB    30
3-4-1 آنتی بیوتیک کلیندامایسین    30
3-4-2 آنتی بیوتیک جنتامایسین    31
3-4-3 آنتی بیوتیک مترونیدازول    31
3-5- ارزیابی خواص ضدمیکروبی آنتی بیوتیک¬ها بر باکتری¬های SRB مثبت    32
3-6- تعیین هویت مولکولی باکتری¬های SRB مثبت    33
3-7- آنالیز آماری    33


فصل چهارم: نتایج یافته های تحقیق
4-1- مقدمه    35
4-2- تجزیه و تحلیل نتایج جمعیت شناختی    35
4-2-1 جنسیت    36
4-2-2 سن    37
4-2-3 میزان تحصیلات    38
4-2-4 میزان درآمد    39
4-3- ارزیابی فرضیات پژوهش    40
4-3-1 فرضیه اول    40
4-3-2 فرضیه دوم    43
4-3-3 فرضیه سوم    45
4-3-4 فرضیه چهارم    47
4-3-5 فرضیه پنجم    48
4-3-6 فرضیه ششم    50
4-4- نتایج آزمایش  PCR    54
4-4-1 تأیید استخراج DNA    54
4-4-2 تأیید PCR ژن16S rRNA    55
4-4-3 توالی تعیین ترادف شده قطعه 16S rRNA    56
4-4-4 آنالیز فیلوژنتیکی    57
فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری
5-1- بحث    63
5-2- نتیجه گیری    67
5-3- پیشنهادات    67
منابع و مآخذ    68
فهرست منابع فارسی    68
فهرست منابع انگلیسی    70
چکیده انگلیسی    73



فهرست جداول
عنوان                                               شماره صفحه
جدول 3-1: پرسشنامه مورد استفاده در این پژوهش    25
جدول 3-2: ترکیبات محیط کشت API    26
جدول 3-3: خصوصیات بالینی افراد انتخاب شده برای نمونه-برداری    28
جدول 4-1: توزیع فراوانی و افراد بر حسب جنسیت    36
جدول 4-2: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب گروههای سنی    37
جدول 4-3: توزیع فراوانی و در پاسخ دهندگان بر حسب میزان تحصیلات    38
جدول 4-4: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب میزان درآمد    39
جدول 4-5: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب گروه های سنی و بیماری    40
جدول 4-6: ضریب همبستگی متغیرهای سن افراد و بیماری    42
جدول 4-7: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس درامد و بیماری    43
جدول 4-8: ضریب همبستگی متغیرهای سن افراد و بیماری    44
جدول 4-9: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری    45
جدول 4-10: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس جنسیت و سابقه مصرف آنتی¬بیوتیک    47
جدول 4-11: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه سنی و تحصیلات    48
جدول 4-12: ضریب همبستگی متغیرهای تحصیلات افراد و بیماری    49
جدول 4-13: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه های سنی وتاثیر آنتی¬بیوتیک¬ها    50
جدول 4-14: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی    51
جدول 4-15: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی جنتامایسین    52
جدول 4-16: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی مترونیدازول    53

 
فهرست نمودارها
عنوان                                               شماره صفحه
نمودار 4-1: فراوانی و نسبت افراد مورد پژوهش بر حسب جنس    36
نمودار 4-2: توزیع درصد نمونه آماری افراد برحسب سن    36
نمودار 4-3: فراوانی افراد مورد پژوهش  بر حسب میزان تحصیلات    38
نمودار 4-4: توزیع در صد نمونه آماری افراد  بر حسب میزان درآمد    39
نمودار 4-5: نمودار توافقی سن و بیماری آپاندیسیت    41
نمودار 4-6: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس آپاندیسیت    41
نمودار 4-7: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس درامد و بیماری    43
نمودار 4-8: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری آپاندیسیت    46
نمودار 4-9: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری عفونت روده    46
نمودار 4-10: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس جنسیت و سابقه مصرف آنتی¬بیوتیک    47
نمودار 4-11:  فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه سنی و تحصیلات    48
نمودا 4-12: ارزیابی تاثیر کیفی داروی کلیندامایسین بر باکتری¬های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه¬های سنی    51
نمودار 4-13: ارزیابی تاثیر کیفی داروی جنتامایسین بر باکتری های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه های سنی    52
نمودار 4-14: ارزیابی تاثیر کیفی داروی مترونیدازول بر باکتری¬های احیا کننده سولفات  جدا شده از گروه¬های سنی    53

 
فهرست شکل ها
عنوان                                               شماره صفحه
شکل 1-1: آپاندیس ملتهب و متورم (آپاندیسیت)    6
شکل 1-2: فلور طبیعی روده    10
شکل 3-1: مرحله جداکردن زائده آپاندیس    27
شکل 3-2: تلقیح باکتری¬های SRB)) به محیط مایع API    30
شکل 3-3: تاثیر آنتی بیوتیک¬ها بر رشد باکتری های SRB    32
شکل 4-1: تصویر الکتروفورز حاصل از DNA استخراج شده از باکتری.    54
شکل 4-2: تصویر الکتروفورز حاصل از تکثیر ژن 16S rRNA باکتری.    55


 
چکیده
باکتری¬های احیا کننده سولفات (SRB) گروه بزرگی از میکروارگانیسم¬های بی¬هوازی هستند که نقش بسیار مهمی در بسیاری از فرآیندهای بیوژئوشیمیایی ایفا می¬کنند. این پژوهش با هدف شناسایی وتعیین هویت مولکولی باکتری¬های احیا کننده سولفات و نقش آن¬ها در عفونت¬های روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان انجام شد. روش کار: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی در سال 1391 تا 1392 بر روی 50 بیمار مراجعه کننده به بیمارستان¬های مختلف شهر کرمان انجام شد. تمامی افراد مورد بررسی دارای مشکلات عفونت روده بزرگ ویا آپاندیسیت بودند. در بین این افراد نمونه¬گیری از حفره شکم و روده ی بزرگ انجام شد. سپس نمونه¬های تهیه شده به محیط کشت اختصاصی API تلقیح و 2 ماه در دمای 35 درجه سانتی گراد گرماگذاری شدند. سپس نمونه¬های مثبت پس از کشت مجدد در محیط جامد اختصاصیSRB ، برای خالص سازی بیشتر به محیط جدید API  منتقل گردید. شناسایی مولکولی جدایه ها با استفاده از پرایمر یونیورسال  16s rRNA و مقاومت آنتی بیوتیکی صورت گرفت. از مجموع نمونه¬های مورد پژوهش از6 مورد (12%) نمونه¬های مشکوک به SRB جداسازی گردید. اما با روش مولکولی در4 مورد (8%) باکتری های احیا کننده سولفات شناسایی شد. بیشترین گونه ی باکتری¬های (SRB) مربوط به سویه Desulfovibrio piger بود. همچنین بین جداسازی باکتری¬های SRB، سن و میزان تحصیلات افراد ارتباط معنی¬داری مشاهده شد مناسب¬ترین آنتی¬بیوتیک برای حذف باکتری¬های SRB کلیندامایسین شناسایی شد. با توجه به نقش احتمالی باکتری¬های SRB در  ایجاد سرطان کلون و عفونت¬های روده¬ای، ضرورت انجام پژوهش¬های تکمیلی و پایش مداوم بالینی در جمعیت¬های گسترده تر و ارزیابی نقش بیوسایدها وآنتی¬بیوتیک¬ها در حذف این باکتری¬ها وجود دارد.

واژگان کلیدی: باکتری¬های احیا کننده سولفات، عفونت¬های روده بزرگ، 16s rRNA



فصل اول:
کلیات تحقیق

مقدمه
باکتری¬های احیا کننده سولفات SRB به طور وسیعی در اقیانوس، آب¬های شیرین، لجن¬ها پراکنده¬اند. این باکتری¬ها از سولفات به عنوان پذیرنده نهایی الکترون استفاده و سولفید هیدروژن تولید می¬نمایند. تا اکنون 14 جنس از این گروه باکتری¬ها شناخته شده که به جز دسولفونما ویبرو تمامی آن¬ها گرم منفی می¬باشند. یک جنس از این باکتری¬ها به نام دسولفوویبرو می¬تواند در هنگام تکثیر فعال خود بیش از 10 گرم در لیتر سولفید هیدروژن تولید نماید (آبیارد 1382، 12-11؛ ;Geneva 2001, 157 Collette 1999, 198 ).
باکتری¬های SRB نقش مهمی را در شروع التهاب یا التهاب¬های دائمی از قبیل بیماری¬های دندان  ایفا     می¬کنند (;Langendijk 2000, 943-950 loubinoux et al 2003, 1304-1306 ). Desulphovibrio spp از آبسه¬های شکمی و آبسه¬های مغزی و همچنین از خون و ادرار نیز جدا شده¬اند (Collette 1999, 198). باکتری¬های SRB انرژی مورد نیاز خود را از احیای سولفات بدست می¬آورند این باکتری¬ها به دلیل تولیدH2s  که بجز ترکیبات سیتوتونیک  مهم است و یک عامل خورنده  می¬باشد (Barton 2007, 1-523) و در مجاری دستگاه گوارش (دهان و روده) انسان و حیوانات وجود دارند. یکی از آرکی متانوژنیک (متانوژن) به نام متانو بروی باکتراسمیتی  در عفونت¬های انسانی یافت شده است (Worden and Smelly 1996, 157-171 ) مهم ترین باکتری¬های احیاکننده سولفات شناسایی شده در فلور روده عبارتند از:
دسولفوتوماکولوم ، دسولفوویبریو ، دسولفوبولبوس ، دسولفوفیرفیلدنیس ، دسولفوویبریوپیگر  (Goldstein 2003, 2752-2754؛ La Scola and Raoult 1999, 3076-3077 ، Susceptibilities of  23 Desulfovibrio Isolates from Humans, 5308–5311 ).
براساس مطالعات Birvin در سال 2001 در کشور کانادا شیوع مشکلات گوارشی همراه با درد 6% گزارش کرد و در سال 2003 Ehlin و در سال 2004 Wilson در انگلستان شیوع عفونت را به ترتیب 2/8 درصد و 5/10 درصد گزارش کردند که از سال 1970 تا 2004 به طرز چشمگیری افزایش پیدا کرده است. Hugin در سال 2005 و Boivin در سال 2001 در ایالات متحده امریکا عفونت روده در بین دانش آموزان و در محدوده سنی بین 16 تا 30 سال در مردان 65 درصد و در زنان 44 درصد گزارش کردند.
در سال 1992، John، Boseph و همکاران ثابت کردند که منوباکتام¬ها (آزترونام) یا آمینوگلیکوزیدها به همراه کلیندامایسین یا مترونیدازول در کاهش (Intra abdominal infections) موثر می¬باشند (Yoshiota et al 1991, 11-17 ).
آنتی¬بیوتیک کلیندامایسین از دسته داروهای پادباکتری با نیمه عمر 2 تا 3 ساعت مانع از بیوسنتزپروتئین توسط باکتری می¬شود که در درمان پریتونیت، عفونت¬های داخل شکمی و همچنین عفونت¬های استافیلوکوکی مصرف می¬شود. مترونیدازول یکی از داروهای نیتروایمیدازول اثر کشندگی بر باکتری¬های  بی¬هوازی و پروتوزوآها دارد از این رو در درمان بیماری¬های التهابی، کولیت پسودو ممبراند و عفونت¬های ژیادریایی مصرف می¬شود (منصور 1390، 36-35؛ گوهرخانی 1374، 27؛ سیمون 1368، 18-17).
هدف از این پژوهش، ارزیابی نفش باکتری¬های احیا کننده سولفات در ایجاد عفونت¬های روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان می باشد.

1-1- مورفولوژی روده بزرگ
روده بزرگ به طول 1.4 تا 1.8 متر، از انتهای روده باریک شروع شده و به مجرای مقعد ختم می¬شود. ابتدای روده¬ی بزرگ که در ارتباط با ایلئوم قراردارد، سکوم یا روده کور نامیده می¬شود. قسمتی ازروده بزرگ که بین سکوم وآنال کانال قراردارد، کولون نامیده می¬شود که به سه قسمت کولون مساعد، کولون افقی وکولون نازل، تقسیم می¬گردد. کولون نازل درانت ها به سیگموئیدورکتوم و نهایتاً آنال کانال، ختم می¬شود (جان ای 1389، 90-89).
1-1-1 سکوم و آپاندیس  
سکوم قسمت ابتدایی روده بزرگ است که زاییده آپاندیس به قسمت بن بست آن متصل می¬شود. آپاندیس زایده¬ی انگشت مانندی است به طول 10-5 سانتی¬متر وقطر متوسط 8/0 سانتیمتر که با افزایش سن قطر آن کاهش می¬یابد. دیواره آپاندیس مرکب از 4 لایه¬ای است که درسایر قسمت¬های لوله گوارش یافت          می¬شود. مخاط آپاندیس شبیه روده بزرگ، فاقد پرز وچین و حاوی غدد لوله¬ای مستقیم است. اپیتلیوم پوشاننده آن شامل سلول¬های جذب¬کننده و جامی است. آستروزیر مخاط حاوی تعداد زیادی عقده¬های لنفاوی است که با افزایش سن ازتعداد آنها کاسته می¬شود. در افراد سالخورده با ناپدیدشدن بافت لنفاوی درآپاندیس، مخاط وزیرمخاط فیبروزه میشوند. طبقه عضلانی در آپاندیس شبیه روده کوچک، مرکب از عضلات حلقوی درداخل وعضلات طولی درخارج است که از خارج بوسیله بافت سروز پوشیده شده است. آپاندیس یک عضو لنفاوی است و مانند دیگربافت¬های لنفاوی میتواند ملتهب شده وتولید آپاندیسیت نماید (جان ای 1389، 90-89).