پایان نامه بررسی بیوسیستماتیکی بخشه Viola در شمال ایران

اختصاصی از کوشا فایل پایان نامه بررسی بیوسیستماتیکی بخشه Viola در شمال ایران دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .

فرمت فایل : WORD (قابل ویرایش)

تعداد صفحات:143

فهرست مطالب:
چکیده فارسی    ر
چکیده انگلیسی    ز

فصل اول: مقدمه
1-1 تاریخچه مطالعات سیستماتیکی سرده Viola    2
1-2 موقعیت سیستماتیکی تیره Violaceae    4
1-3 موقعیت سیستماتیکی سرده Viola    7
1-4 شرح ریخت شناسی تیره Violaceae    7
1-5 شرح ریخت شناسی سرده Viola    8
1-6 سیستم زادآوری در سرده Viola    11
1-8 پراکنش جغرافیایی تیره Violaceae    16
1-9 پراکنش جغرافیایی سرده Viola    16
1-10 دورگه گیری    17
    1-10-1دورگه گیری در زیربخشه Viola    18
1-11 شناسایی گونه ها در سرده Viola    19
1-12 تاریخچه مطالعات تشریحی در سرده Viola    20
1-13 مطالعات فیلوژنی    24
    1-13-1 مروری بر نشانگر های مورد استفاده در بررسی های فیلوژنی در سطوح زیر سرده ای Viola    24
    1-13-2 ساختار توالی هسته ای ITS    25
    1-13-3 ساختار توالی کلروپلاستی trnL-F    27
    1-13-4 تاریخچه فیلوژنی سرده Viola    29
1- 14 اهداف:    39

فصل دوم: مواد و روش ها
2-1 مطالعات تشریحی    41
    2-1-1 روش تهیه محلول های رنگ آمیزی    42
2-2 بررسی مورفومتری و آنالیز عددی    44
    2-2-1 نمونه برداری    44
    2-2-2 اندازه گیری و آنالیز    45
2-3 مطالعه ی فیلوژنی مولکولی در گونه های Viola    48
    2-3-1 استخراج DNA ژنومی از گیاه با استفاده از روش CTAB    49
    2-3-1-1 روش تهیه بافر CTAB    51
        2- 3 – 1 -2  تعیین غلظت و خلوص DNA    51
2- 4  تکثیر قطعات DNA مورد نظر    52
    2- 4- 1 آغازگر ها:    52
    2- 4- 2 دستورالعمل واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR)    52
    2-4-3 برنامه واکنش PCR برای تکثیر قطعات  DNA مورد مطالعه    53
    2-4-4 الکتروفورز ژل آگارز    53
    2-4-5 تخلیص PCR    54
        2-4-5-1 تخلیص محصول PCR    54
        2-4-5-2 تخلیص محصول PCR  از ژل    55
    2- 4-6  تعیین توالی قطعات تکثیر یافته و آنالیز آنها    56
    2-4-7 آنالیز فیلوژنتیکی    57
        2-4-7-2 روش بیشینه صرفه جویی    58
        2- 4- 7-3  روش بیشینه احتمال    58
        2- 4-7- 5 مقایسه دو روش آنالیزی MP  و ML    59
        2- 4-7- 6 نحوه ی ترکیب دو مجموعه اطلاعاتی trnL-F و ITS    60
فصل سوم: نتایج
3-1 کلید شناسایی گونه های Viola در شمال ایران    62
3-2 شرح گونه های بخشه Viola    64
3-3 مطالعات تشریحی    82
3-4 آنالیز عددی    98
    3-4-1 زیربخشه Viola    98
    3-4-2 زیربخشه Rostratae    99
3-5 مطالعات ملکولی    103
    3-5-2 تعیین توالی قطعه تکثیر یافته    105
    3-5-3 آنالیز فیلوژنتیکی توالی ITS    109
        3-5-3-1  آنالیزماکسیمم پارسیمونی داده های مولکولی nrDNA ITS    109
        3-5-3-2 آنالیزماکسیمم پارسیمونی داده های trnL-F cpDNA    112
        3-5-3-3  آنالیز Maximum Liklihood داده های nrDNA ITS     115
        3-5-3-4 آنالیز Maximum Liklihood داده های trnL-F cpDNA     117
        3-5-3-5 آنالیزماکسیمم پارسیمونی داده های ترکیبی nrDNA ITS  وcpDNA trnL-F    119
        3-5-3-6 آنالیز Maximum Liklihood داده های ترکیبی nrDNA ITS  وcpDNA trnL-F    121

فصل چهارم: بحث
4-1 مطالعات تاکسونومیکی    124
4-2 مطالعات آناتومی    127
4-3 تاکسونومی عددی    129
4-4 مطالعات ملکولی    130
4-5 پیشنهادات    134

فصل پنجم: منابع
منابع    136


فهرست جدول ها
فصل اول: مقدمه
جدول 1-2-1 فهرست سرده هایی که در تیره Violaceae قرار می گیرند    6
جدول 1-3-1 موقعیت سیستماتیکی سرده Viola بر اساس سیستم APGIII.    7

فصل دوم: مواد و روش ها
جدول 2-1-1 مشخصات نمونه های هرباریومی مورد استفاده در مطالعه آناتومی    43
جدول 2-2-1 صفات کمی و کیفی اندازه گیری شده در آنالیز مورفومتری.    46
جدول 2-4-1 مشخصات نمونه های مورد استفاده در مطالعات ملکولی.    48

فصل سوم: نتایج
جدول 3-3-1 صفات مورد بررسی در آناتومی ریشه.    84
جدول3-3-2صفات مورد بررسی در آناتومی ساقه رونده.    87
جدول3-3-3 صفات مورد بررسی در آناتومی دمبرگ.    90
جدول3-3-4 صفات مورد بررسی در آناتومی دمگل.    93
جدول3-3-5 صفات مورد بررسی در آناتومی برگ.    97

 فصل چهارم: بحث
جدول 4-1-1 اصلاحات انجام گرفته و بازنگری بخشه Viola.    124


فهرست شکل ها
فصل اول: مقدمه
شکل شماره 1-1-1 نمودار نشان دهنده تفاوت های تاکسونومیکی عمده بین 3 طبقه بندی زیر سرده ای Viola    3
شکل 1-2-1 نحوه قرار گیری تیره Violaceae  در رده بندی جدید بر اساس APGIII    5
شکل 1-5-1  فرم رویشی و بخش هایی از Viola    10
شکل 1-6-1  تصویر  شماتیک از  V. alba    12
شکل 1-7-1 نقشه پراکنش تیره Violaceae در جهان    16
شکل 1-8-1 پراکنش گروه های عمده سرده Viola در جهان    17
شکل 1-9-1 دورگه گیری در زیر بخشه Viola    19
شکل 1-10-1 برش عرضی ریشه.    21
شکل 1-10-2 برش عرضی برگ    22
شکل1-10-3 برش عرضی دمبرگ    22
شکل 1-10-4 برش عرضی دمگل    23
شکل 1- 13- 2- 1 تصویر شماتیکی از ساختمان مولکولی NOR  ها در یوکاریوت ها    26
شکل 1-13-2-2 تصویر شماتیک ژن ریبوزومی    27
شکل 1-13-3-1 تصویر شماتیک ژن کلروپلاستی     28
شکل 1-13-3-2 استفاده از ژن های مختلف در سطوح تقریبی تاکسونومیکی    29
شکل 1-13-3-1 درخت Strict consensus از 8 درخت با بیشترین پارسیمونی با استفاده از توالی ITS    31
شکل 1-13-3-2 مطابقت فیلوژنی ITS سرده Viola با اعداد کروموزومی پایه    33
شکل 1-13-3-3 درخت مطلق مرکزی از 8300 درخت با بیشترین پارسیمونی بر اساس توالی ITS    34
شکل 1-13-3-4 درخت Strict consensus از 4 درخت بدست آمده از داده های ISSR    35
شکل 1-13-3-5 درخت فیلوژنی با بیشترین پارسیمونی بر اساس توالی بین ژنی trnS-trnG    36
شکل 1-13-3-6 درخت دودمان ژنی اینترون CHS    37
شکل 1-13-3-7  درخت فیلوژنی NRPD2a/E2-a و  NRPD2/E2-b در Viola.    38
شکل 1-13-3-8  مشخصات توالی NRPD2/E2. A موقعیت مرتبط  NRPD2/E2    39

 فصل دوم: مواد و روش ها
شکل 2-3-1 منطقه مورد مطالعه در شمال ایران    44
شکل 2-3-2، برخی صفات مورفومتری اندازه گیری شده    45

فصل سوم: نتایج
شکل 3-2-1 تصویر نمونه V. odorata    66
شکل 3-2-2 تصویر نمونه V. alba ssp. alba    69
شکل 3-2-3 تصویر نمونه V. sintenisii.    71
شکل 3-2-4 تصویر گونه V. rupestris    74
شکل 3-2-5 تصویر گونه V. reichenbachiana.    76
شکل 3-2-6 تصویر  هرباریومی نمونه لکتوتیپ V. caspia..    79
شکل 3-2-6 تصویر گونه V. caspia ssp. caspia.    80
شکل 3-2-7 تصویر گونه V. caspia ssp. sylvestroides.    80
شکل 3-2-8  تصویر نمونه هیبرید V. caspia × V. reichenbachiana.    81
شکل 3-3-1 برش عرضی ریشه    82
شکل 3-3-2 برش عرضی ریشه در گونه های مختلف بخشه  Viola    83
شکل 3-3-3 برش عرضی ساقه رونده در گونه V. Caspia ssp caspia.    85
شکل 3-3-4 برش عرضی ساقه رونده در گونه های Viola    86
شکل 3-3-5 برش عرضی دمبرگ در V. alba    88
شکل 3-3-6 برش عرضی دمبرگ در گونه های Viola    89
شکل 3-3-7 برش عرضی دمگل در V. alba    91
شکل 3-3-8 برش عرضی دمگل در گونه های Viola    92
شکل 3-3-9 برش عرضی برگ در V. alba    95
شکل 3-3-10 برش عرضی برگ در گونه های Viola.    96
    شکل 3-4-1-1 درخت رسم شده شامل 3 گونه زیربخشه Viola به روش Euclidian / UPGMA.    98
    شکل 3-4-1-2 پلات 2 بعدی آنالیز PCA در زیر بخشه Viola    99
    شکل 3-4-2-1 درخت رسم شده شامل 3 گونه زیربخشه Rostratae و نمونه هیبرید در مرحله گل دهی    100
    شکل 3-4-2-2 پلات دو بعدی آنالیز PCA در زیر بخشه Rostratae در مرحله گل دهی    101
    شکل 3-4-2-3 درخت رسم شده شامل 3 گونه زیربخشه Rostratae در مرحله میوه دهی.    101
    شکل 3-4-2-4 پلات دو بعدی آنالیز PCA در زیر بخشه Rostratae در مرحله میوه دهی    102
    شکل 3-5-1-1 تصویر ژل الکتروفورز Temperature gradient PCR.    103
    شکل 3-5-1-2 تصویر ژل الکتروفورز توالی ITS مربوط به تاکسون های یررسی شده.    104
    شکل 3-5-1-3 تصویر ژل الکتروفورز توالی trnL-F مربوط به تاکسون های یررسی شده.    105
    شکل 3-5-2-1 توالی تطابق یافته توالی ITS  مربوط به 17 تاکسون مورد مطالعه در شمال ایران.    107
    شکل 3-5-2-2 توالی تطابق یافته توالی trnL-F  مورد مطالعه در شمال ایران.    108
    شکل  3-5-3-1-1 درخت قطعی بر اساس توالی ITS    111
    شکل  3-5-3-2-1 درخت قطعی بر اساس توالیtrnL-F .    114
    شکل 3-5-3-3-1 : درخت قطعی حاصل از آنالیز Maximum Likelihood داده های nr DNA ITS.    116
    شکل 3-5-3-4-1: درخت قطعی حاصل از آنالیز ماکسیمم Likelihood داده هایtrnL-F  cpDNA    118
    شکل 3-5-3-5-1: درخت قطعی حاصل از آنالیز ماکسیمم پارسیمونی داده های ترکیبی.    120
    شکل 3-5-3-6-1: درخت قطعی حاصل از آنالیز Maximum Liklihood  داده های ترکیبی.    122

چکیده

در این مطالعه، بررسی بیوسیستماتیکی بخشه Viola از سرده Viola در شمال ایران از جنبه های مرفولوژیکی، آناتومیکی و ملکولی انجام شد. آنالیز عددی برای تاکسونهای جمع آوری شده از ایران متعلق به دو زیربخشه Viola و Rostratae به صورت جداگانه انجام گرفت و بر اساس نتایج حاصل از این آنالیز، گونه های هر کدام از زیربخشه های Viola و Rostratae از یکدیگر متمایز شدند. به منظور انجام مطالعات آناتومیکی، بخش های ریشه، ساقه رونده، برگ، دمبرگ و دمگل مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که صفات مورد بررسی در تمایز زیربخشه ها و گونه ها  مفید هستند. بر این اساس دو گونه V. alba ssp. alba و V. sintenisii، در برشهای ریشه در وجود یا عدم وجود ناحیه مغز و تعداد لایه های پارانشیمی زیر آوند چوب از یکدیگر متمایز گردیدند. دو گونه نزدیک V. caspia و V. reichenbachiana نیز در برش های ریشه، در وجود یا عدم وجود مغز و تراکم کریستالی از یکدیگر قابل تمایز بودند. در بررسی مولکولی، از دو نشانگر، شامل nrDNA ITS و cpDNA trnL-F برای تعیین حدود گونه ها استفاده شد. بر این اساس، گونه های این بخشه به خوبی از یکدیگر متمایز شدند. به منظور بازسازی روابط فیلوژنی بخشه Viola و بررسی میزان خویشاوندی این بخشه با سایر بخشه های سرده Viola، داده های مولکولی با استفاده از روش بیشینه صرفه جویی تعبیه شده در نرم افزار PAUP* 4.b10 و روش بیشینه احتمال در نرم افزار TreeFinder (Version Of March 2011) آنالیز شدند. درخت مطلق مرکزی با بیشترین پارسیمونی برای داده های ترکیبی ITS و trnL-F، یک کلاد با ارزش حمایتی 100% را برای بخشه Viola بادو زیر بخشه Viola و  Rostratae نشان می دهد. نتایج حاصل از این مطالعه، حضور 6 گونه و 3 زیر گونه را تایید کرده است. نتایـج به دست آمده نشان داد که V. alba ssp. alba و V. sintenisii به صورت سیمپاتریک در شمال ایران پراکنش دارد
کلید واژه: سیستماتیک ملکولی، Viola، آناتومی، شمال ایران، سیمپاتریک.