پروتئین ها و انواع ساختارهای آن

اختصاصی از کوشا فایل پروتئین ها و انواع ساختارهای آن دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .

فرمت فایل : word(قابل ویرایش)تعداد صفحات:90

مقدمه :

پروتئین ها فراوان ترین ماکرو ملکول های بیولوژیک هستند که در تمامی سلول ها و تمامی قسمت های سلولی یافت می شوند. پروتئین ها همچنین دارای تنوع زیادی می باشند. هزاران نوع پروتئین مختلف با اندازه های متفاوت از پپتیدهای نسبتاً کوچک تا پلیمرهای بزرگ دارای وزن های مولکولی در حد میلیون ممکن است در یک سلول یافت شوند. به علاوه، پروتئین ها اعمال بسیار متنوع بیولوژیک را انجام داده و مهمترین محصولات نهایی مسیرهای اطلاعاتی می باشند.

پروتئین ها ابزار مولکولی هستند که از طریق آنها اطلاعات ژنتیکی بیان می گردند شروع بررسی ماکرو ملکول های بیولوژیک یا پروتئین ها، که نامشان از کلمه یونانی (protos) به معنی «اولین» یا «جلوترین» گرفته شده است، مناسب می باشد.

کلید ساختمان هزاران پروتئین مختلف، زیر واحدهای مونومری نسبتاً ساده آنها می باشد، تمامی پروتئین ها، شامل پروتئین های موجود در قدیمی ترین رده های باکتریایی تا پیچیده ترین اشکال حیات از 20 اسید آمینه یکسان ساخته شده اند که با توالی های مشخص خطی به طریق کووالال به یکدیگر متصل می باشند. از آنجایی که هر کدام از این اسیدهای آمینه دارای زنجیر جانبی با خصوصیات شیمیایی متفاوت می باشند، این گروه 20 ملکولی پیش ساز را می توان به عنوان الفبای زبانی دانست که ساختمان پروتئین با آن نوشته می شود.

اندازه گیری پروتئین شیر به روش formal Titration

اختصاصی از کوشا فایل اندازه گیری پروتئین شیر به روش formal Titration دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .

اندازه گیری پروتئین شیر به روش formal   Titration

دانلود پایان نامه پروتئین های مرتبط با بیماریزایی

اختصاصی از کوشا فایل دانلود پایان نامه پروتئین های مرتبط با بیماریزایی دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .

پروتئین های مرتبط با بیماریزایی

لینک پرداخت و دانلود *پایین مطلب* 

فرمت فایل:Word(قابل ویرایش و آماده پرینت)

تعداد صفحه:68

مقطع کارشناسی ارشد

سمینار 1

فهرست مطالب :

مقدمه و خلاصة موضوع....................................................... 1

گیاه، عامل بیماری و اساس ژنتیکی دفاع گیاهی............................... 3

فرضیة ژن در برابر ژن............................................................... 5

جداسازی و مطالعة ژنهای مقاومت....................................... 10

حوزه های ساختمانی فرآورده های ژنهای مقاومت..................... 13

تکرارهای غنی از لوسیون....................................................... 14

مکانهای اتصال نوکلئوتیدها................................................. 16

لوسین زیپرها........................................................................ 18

حوزه مشابه گیرنده های Toll/Interleukin-I............................. 20

پروتئین های LRR خارج سلولی و غیر NBS............................... 21

گیرنده های کینازی در عرض غشاء................................................. 22

شباهت بین فرآورده ژنهای R با سایر پروتئین های گیاهی........ 23

ژنهای مقاومت و انتقال پیام دفاعی.................................................. 27

ژنهای غیر بیماری زا و تولید لیگاند................................................. 31

رویدادهای پائین دست در انتقال پیام دفاعی................................... 37

خانواده ژنهای مقاومت و ایجاد مقاومت های اختصاصی جدید... 42

پروتئین های مرتبط با بیماری زایی.................................... 45

گروه بندی پروتئینهای RR........................................................ 48

خانواده PR-1.................................................................. 49

بتا – 1،3 – گلوکانازها (خانواده PR-2).......................................... 50

کیتیناز ها (خانواده های PR-11, PR-8, PR-4c, PR-3).......... 51

پروتئین های شبه تا ماشین (خانواده PR-5)......................... 52

مهار کننده های پروتئیناز (خانواده PR-6).................. 53

پروکسیداز ها (خانواده PR-9)....................................... 54

دفسین ها ، نیوتین ها، پروتئین های ناقل لیپید و اکسالات اکسیدازها (خانواده های PR-12 ، PR-13 ، PR-14، PR-15 ، PR-16)............................................ 55

مهندسی مقاومت به بیماری ها......................................... 57

فهرست منابع....................................................... 67

چکیده :

در گونه های گیاهی هزاران ژن مقاومت (R) در برابر عوامل بیماری ویروسی ، باکتریایی ، قارچی و نماتدی وجود دارد . ظهور مقاومت در بر هم کنش میزبان و عامل بیماری مستلزم بیان ژن مقاومت (R) در میزبان و ژن غیربیماریزا (Avr) در عامل بیماری می باشد . باور بر اینست که ژنهای مقاومت گیاه را قادر می سازند که ژنهای غیر بیماریزا را شناسایی کرده ، فرآیند انتقال پیام را آغاز نموده و واکنش دفاعی را فعال سازند . رویدادهای انتقال پیام که منجر به ظهور مقاومت می شوند عبارتند از جریانهای یونی در عرض غشاء سلولی ، تولید گونه های اکسیژن واکنشی ، تغییر حالت فسفوریلاسیون ، فعالیت رونویسی از سیستم های دفاعی گیاه و مرگ سریع سلولی در موضع آلودگی ( واکنش فوق   حساسیت ) . هرچند که پاسخهای دفاعی از سوی گیاه در تقابل با عوامل بیماری ، متفاوت می باشند ، اما خصوصیات مشترکی نیز بین آنها وجود دارد . مهمترین ویژگی ژن های R این است که این ژنها در گونه های مختلف گیاهی که سبب مقاومت اختصاصی در برابر طیف وسیعی از عوامل بیماری می شوند ، اغلب پروتئین هایی با ساختمان مشابه را رمز می نمایند . ژنهای R همسانه شده به چهار گروه اصلی تقسیم می شوند . یکی از آسان ترین ، به صرفه ترین و از لحاظ زیست محیطی ایمن ترین راهای کنترل بیماریهای گیاهی استفاده از ارقام مقاوم است و به نژاد گران بطور گسترده ای به طریقة کلاسیک از ژنهای مقاومت در این زمینه استفاده نموده اند . اکنون با دسترسی به ژنهای R همسانه شده ، فرصتی برای انتقال ژنهای R جدید به گیاهان از طریق تراریختی ژنتیکی فراهم آمده است . تا زمانی که این روشها از لحاظ قابلیت اعتماد ، انعطاف پذیری و هزینه با روشهای اصلاح نباتات کلاسیک قابل مقایسه نباشند و یا برتری نداشته باشند ، نمی توان انتظار داشت که بطور گسترده مورد استفاده قرار گیرند . با توجه به ظرفیت قوی این روشها در عبور از موانعی همچون تفاوت گونه ای و صف آرایی ژنهای R به فرم دلخواه به نظر می رسد که تراریختی در آینده ای نزدیک در برنامه های اصلاحی وارد شود .

گیاه ، عامل بیماری و اساس ژنتیکی دفاع گیاهی

عوامل بیماری در تهاجم به گیاهان یکی از سه راهبرد ذیل را بر می گزینند ، نکروتروفی[1] ، بیوتروفی[2] و یا همی بیوتروفی[3] . نکروتروفها ابتدا سلول میزبان را می کشند و سپس محتوای آن را متابولیزه می کنند ، برخی از این عوامل بیماری دامنة میزبانی گسترده ای را در بر می گیرند و مرگ سلولی اغلب توسط سموم و یا آنزیمهایی رخ می دهد که سوبسترای بخصوصی را مورد هدف قرار می دهند. Pythium و Botrytis نمونه هایی از نکروتروفهای قارچی هستند . سایر نکروتروفها سمومی تولید می کنند که میزبان گزینشی[4] دارند ، بطوریکه این سموم فقط روی دامنة محدودی از میزبانهای گیاهی مؤثر می باشند . در مورد این گروه از عوامل بیماری ، مقاومت گیاهی از طریق حذف و یا تغییر ترکیب مورد هدف سم و یا از طریق سم زدایی قابل حصول است . به عنوان مثال ژن Hml در ذرت سبب مقاومت به قارچ لکة برگی Cochiobolus carbonum می شود . Hml یک آنزیم ردوکتاز را کد می کند که سم HC[5] حاصل از C.carbonum را خنثی می سازد .

اوامل بیماری بیوتروف و همی بیوتروف به سلولهای زنده حمله می کنند و سوخت و ساز سلولی را در جهت رشد و تکثیر خود تغییر می دهند . تشکیل اشکالی به صورت جزایر سبز رنگ روی برگهای پیر در پیرامون آلودگی بیوتروفی مربوط به قارچهای زنگ و سفیدک پودری نشان دهندة اهمیت زنده نگه داشتن سلولهای میزبان در طی ارتباط نزدیک بین عامل بیماری و گیاه است . بیوتروفها تنها روی یک و یا تعداد محدودی از گونه های مربوط بیماری ایجاد می نمایند . در مقابل قارچهای همی بیوتروف از قبیل جنسهای Phytophtora و Cilletotrichum در مراحل بعدی آلودگی ، سلولهای پیرامون را در میزبان می کشند . به علت طبیعت اختصاصی عمل کردن عوامل بیماری بیوتروف و همی بیوتروف تعجب آور نیست که تغییر کوچک در هر یک از طرفین ( میزبان یا عامل بیماری ) سبب بر هم خوردن تعادل گردد . ناسازگاری بین عامل بیماری و میزبان اغلب منجر به فعال شدن پاسخهای دفاعی گیاه از قبیل مرگ موضعی سلول میزبان یا واکنش فوق حساسیت ( HR ) می شود .

فرضیة ژن در برابر ژن

در گونه های گیاهی هزاران ژن مقاومت (R) در برابر عوامل بیماری ویروسی ، باکتریایی ، قارچی و نماتدی وجود دارد . هرچند که پاسخهای دفاعی از سوی گیاه در تقابل با عوامل بیماری ، متفاوت می باشند ، اما خصوصیات مشترکی نیز بین آنها وجود دارد که مهمترین آنها این است که عمل ژنهای R به ژنوتیپ عامل بیماری بستگی دارد . عوامل بیماری بطور بالقوه دارای توانایی ایجاد پیامهای گوناگون می باشند که به نحوی مشابه تولید آنتی ژنها توسط عوامل بیماری پستانداران می باشد . برخی از این پیامها توسط بعضی از گیاهان شناسایی می شوند . اگر ژن مربوط به بیماری در عامل بیماری پیامی را ایجاد کند که منجر به القاء یک پاسخ دفاعی قوی از سوی ژن R در گیاه گردد در آن صورت به آن ژن غیر بیماریزا[6] (Avr) گویند . اما باید توجه داشت که در صورت عدم وجود ژن R در میزبان ، ژن Avr سبب ایجاد بیماری خواهد شد . عمل اختصاصی ژنهای R در میزبان در برابر ژنهای Avr در عامل بیماری نخستین بار توسط فلور کشف شد و متعاقب آن واژه مقاومت ژن در برابر ژن[7] مطرح گردید . فلور پیشنهاد کرد در گیاه ژنی وجود دارد که در هنگام مواجه با عامل بیماری ، پاسخ دفاعی را القاء می نماید . اگر این ژن غایب و یا غیر فعال باشد ، گیاه نسبت به تهاجم عامل بیماری حساس خواهد بود . اما ، ژنهای مقاومت فقط در برابر انواع مشخصی از نژادهای عامل بیماری مؤثر می باشند . بنابراین عامل بیماری بایستی دارای ژنی باشند که محصول آن به طور مستقیم و یا غیر مستقیم با فرآوردة ژن مقاومت گیاهی بر هم کنش نشان دهد که این ژنها در عامل بیماری به عنوان ژنهای غیر بیماریزا (Avr) نامیده شدند ، زیرا وجود آنها مانع توسعة عامل بیماری در حضور ژن مقاومت می شود . از این رو گیاهی که دارای یک ژن مقاومت مخصوص باشد فقط در برابر نژادی از عامل بیماری مقاومت نشان می دهد که واجد ژن معینی باشد که فرآوردة آن باعث بر هم کنش پاسخ دفاعی شود . اگر عامل بیماری فاقد ژن غیر بیماریزایی مناسب باشد ، آنگاه هیچ گونه پاسخ دفاعی در گیاه رخ نخواهد داد و حتی علی رغم حضور ژنهای مقاومت بالقوه ، عامل بیماری گسترش خواهد یافت . مفاهیم ژن مقاومت در گیاه و ژن غیر بیماریزایی در عامل بیماری و در نتیجة پاسخ مقاومت ، اساس فرضیة ژن در برابر ژن را تشکیل می دهد . فرضیة ژن در برابر ژن مکانیسمی را پیشنهاد می نماید که فرآوردة ژن مقاومت در گیاه از طریق بر هم کنش با فرآوردة ژن غیر بیماریزا به حضور آن پی می برد . به علاوه ژن مقاومت باید دارای توانایی انتقال پیام[8] ناشی از مکانیسم شناسایی به سیستم دفاعی گیاه باشد که این امر احتمالاً از طریق یک مکانیسم پیام رسانی صورت گرفته و منجر به بیان ژنهایی می شود که مانع رشد و گسترش عامل بیماری در بافتهای آلوده می شود .

مدل ژن در برابر ژن برای اکثر عوامل بیماری بیوتروف از جمله قارچها ، ویروسها ، باکتریها و نماتد ها صدق می کند . اعتقاد بر این است که خاستگاه هر گونه گیاهی جایی است که در آن بیشترین تنوع ژنتیکی موجود بوده و از این رو گیاهان همراه با عوامل بیماری تکامل پیدا کرده اند . بر این اساس برنامه های اصلاحی می تواند به سمت شناسایی ژرم پلاسم مقاوم در خویشاوندان وحشی گونه های زراعی سوق پیدا نماید . به غیر از مدل فلور ، چندین مدل ژن در برابر ژن ارائه گردیده است و با ایجاد لاین های ایزوژن مقاوم و حساس می توان تفاوت های آزمایشی ناشی از تغییر زمینة ژنتیکی را به حداقل رساند . با استفاده از این گونه بر هم کنشها اولین ژنهای R و Avr و Arabidopsis thaliana جداسازی شد . این گیاه در طی سالهای گذشته به عنوان یک سیستم مدل به نحو گسترده ای برای مطالعه بر هم کنش گیاه – عامل بیماری مورد استفاده قرار گرفته است .

هنگامی که یک ژن Avr و یک ژن R مختص به آن تظاهر می یابند پاسخ دفاعی قوی در گیاه القاء می شود . وجه مشخصه اکثر بر هم کنش های ژن در برابر ژن، ظهور پاسخ فوق حساسیت (HR) است که در آن سلولهای واقع در مجاورت عامل بیماری دچار مرگ برنامه ریزی شده[9] می شوند . این واکنش به عنوان بخشی از پاسخ دفاعی کلی محسوب می شود . ویژگی های دیگر پاسخ مقاومت عبارتند از تولید متابولیک های ضد میکروبی ( تحت عنوان فیتوآلکسین ها[10] ) ، تولید آنزیم هایی که می توانند برای عامل بیماری مضر ( باشد مانند کیتینازها[11] و گلوکانازها[12] ) و تقویت دیواره سلولی گیاهی در ناحیة آلوده شده . علاوه بر این پاسخهایی نیز بروز می یابند که گمان می رود در انتقال پیام دفاعی نقش دارند که از آن جمله می توان به جریان Ca2+ و سایر جریان های یونی ، تغییر فسفوریلاسیون پروتئینها ، تولید گونه های اکسیژن واکنشی[13] از قبیل سوپراکسیداز و تولید و یا آزاد سازی اسید سالیسیلیک[14] اشاره نمود .

باید توجه داشت که بسیاری از پاسخ های بیوشیمیایی فوق الذکر در غیاب بر هم کنش ژن در برابر ژن و در بر هم کنشی که طی آن بیماری توسعه می یابد ، نیز القاء ‌می شوند . پاسخ هایی از قبیل بیان کیتیناز و بیوسنتز فیتو آلکسین ، نرخ رشد عامل بیماری را کاهش می دهند ولی آن را متوقف نمی سازند . بر عکس ، ژنهای R سبب فعال شدن دامنه وسیعی از پاسخ های دفاعی شده و در نتیجه موجب مقاومت مؤثر در برابر عامل بیماری می شوند . الیسیتورهای نژاد – اختصاصی[15] در اثر بیان ژنهای Avr تولید می شوند که باید بین اینها و الیسیتورهای نژاد – غیر اختصاصی[16] تمایز قائل شد . الیسیتورهای نژاد – غیر اختصاصی ، پاسخ هایی از قبیل سنتز فیتوآلکسین ها را القاء می کنند که بیماری را به حداقل می رسانند ، اما اینگونه الیسیتورها در گروه متمایز و متفاوتی از الیسیتورهای ناشی از ژنهای Avr قرار می گیرند که سبب القاء‌ پاسخ دفاعی از سوی ژنهای R می شوند .

جداسازی و مطالعة ژنهای مقاومت

سؤال این است که ژنهای R چه چیزی را رمز می کنند ؟ بیش از بیست سال پیش یک مدل الیسیتور – گیرنده برای توجیه بر هم کنش ژن مقاومت در مقابل ژن Avr مطح شد که در آن ژنهای Avr الیسیتورهایی را رمز می کنند که به عنوان لیگاند[17] برای گیرنده هایی[18] که توسط ژنهای R رمز می شوند عمل می نمایند . این مدل در برخی حالات می تواند معتبر باشد ولی نتوانست سبب تسهیل در امر جداسازی ژنهای مقاومت و یا فرآورده های آنها شود . موفقیت در جداسازی ژنهای مقاومت موکول شد به زمانی که تکنولوژی همسانه سازی گیاهی توسعه یافت . شناسایی عناصر متحرک در ذرت در این زمینه بسیار نوید بخش می نمود، اما نرخ بالای جهش خود به خودی در ژنهای R مورد نظر مانند Rpl در ذرت باعث شد که این امید عقیم گذارده شود . اما تلاش در این زمینه مقدمات آشنایی با جهش پذیری ژنهای R و اهمیت بیولوژیکی آن در ایجاد مقاومت های اختصاصی جدید را بنیان نهاد .

اولین ژن R که همسانه گردید ، Hml در ذرت بود که از لحاظ عمل متفاوت از گروه ژنهای R مربوط به Avr می باشد . Hml سبب ایجاد مقاومت در برابر نژاد شمارة 1 عامل بیماری قارچی Cochliobolus carbonum می شود . Hml یک ردوکتاز وابسته به NADPH[19] را کد می کند که قادر است سم قدرتمند تولید شده توسط قارچ مزبور را خنثی نماید . ساختمان و عمل Hml به نحوی است که نمی توان آن را در زمره ژنهای R قلمداد نمود زیرا نقش سم زدایی[20] Hml ، در مواردی همچون ژنهای Avr القاء مرگ سلولی فوق حساسیت و سایر ویژگی های مربوط به بر هم کنش ژن در برابر ژن نمی گنجد .

با پیشرفت تکنولوزی های همسانه سازی موضعی[21] ( گام زنی کروموزمی[22] ) و نشانمند کردن ترانسپوزون هترولوگ[23] ، جداسازی ژنهای مقاومت امکان پذیر شد و موفقیت هایی در این زمینه بدست آمد . فهرستی از ژنهای جدا شده در جدول 1 ارائه گردیده است . اولین ژن اختصاصی در گیاه ( برای Avr ) که جدا سازی شد ژن Pto بود که سبب مقاومت گوجه فرنگی بهPseudomonas syringae pv . tomato می شود . این ژن پروتئینی را رمز می نماید که شبیه پروتئینهای کینازی سرین – ترئونین[24] می باشد .

نکته جالب این که پنج ژن R که پس از Pto جداسازی شدند ، شباهت زیادی به یکدیگر داشتند ولی شبیه Pto نبودند . این ژنها عبارتند از : RPS2 در آرابیدوپسیس ، N در تنباکو ، L6 در کتان ، و Cf-9 و prf در گوجه فرنگی که گروه جدیدی را تشکیل دادند . پروتئین های رمز شده توسط این گروه جدید دارای حوزة تکرارهای غنی از لوسین[25] (LRR) هستند . سپس ژنهای RPM1 در آرابیدوپسیس ، Cf-2 در گوجه فرنگی و xa21 در برنج نیز جداسازی شده و مشخص گردید که پروتئینهای با حوزة LRR را رمز می کند ( جدول 1 ) . با استفاده از تجزیه توالی ها برخی ویژگی های ساختمانی ( علاوه بر LRR ) مشخص گردیده ، اما با جداسازی و تعیین خصوصیات هر ژن R جدید بر پیچیدگی این ویژگی های ساختمانی افزوده شده است . اولین و مهمترین ویژگی این است که ژنهای R در انواع متنوع گونه های گیاهی که در برابر دامنة وسیعی از عوامل بیماری ویروسی ، باکتریایی و قارچی بطور اختصاصی عمل می کنند ، پروتئین هایی را رمز می کنند که شباهت ساختمانی دارند . این شباهت نشان دهندَة این است که مسیرهای بیوشیمیایی مورد استفاده در گیاهان برای ایجاد پاسخهای دفاعی از نقطه نظر تکاملی از درجة بالایی حفاظت بالایی برخوردار می باشند ( بسیار حفاظت شده هستند ) .

حوزه های ساختمانی فرآورده های ژنهای مقاومت

الف) کینازهای سرین – ترئوتین

با همسانه سازی و تعیین خصوصیت ژن Pto ، نقش کینازها در انتقال پیام طی مقاومت ژن در برابر ژن مشخص گردید . یکی از مکانیسم هایی که در موجودات زنده برای کنترل فعالیت پروتئینها بسیار معمول است تغییر حالت فسفوریلاسیون[26] می باشد که بطور وسیعی مورد مطالعه قرار گرفته است . تاکنون 11 حوزه فرعی و 15 واحد اسید آمینه غیر متغیر ( ثابت ) مربوط به پروتئین های کینازی مشخص شده و نواحی محفوظ کینازها که واحدهای سرین-ترئونین فسفوریله می نماید تعیین گردیده است . توالی اسید آمینة بدست آمده از ژن pto دارای نواحی حفاظت شدة مذکور است و مشخص شده است که Pto در شرایط درون شیشه ای[27] ، فعالیت کاتالیتیکی مربوط به پروتئین های کینازی را ظاهر می سازد .

و...

NikoFile

جزوه مفهومی و ترکیبی فصل پروتئین سازی (فصل اول ) زیست شناسی سال چهارم

اختصاصی از کوشا فایل جزوه مفهومی و ترکیبی فصل پروتئین سازی (فصل اول ) زیست شناسی سال چهارم دانلود با لینک مستقیم و پرسرعت .

...