موضوع فارسی :کم جرم شبیه سازی دینامیک مولکولی: یک روش ساده و عمومی به منظور افزایش باهم فی نمونه
موضوع انگلیسی :<!--StartFragment -->
Low-mass molecular dynamics simulation: A simple and generic technique to enhance configurational sampling
Yuan-Ping Pang ⇑
تعداد صفحه :5
فرمت فایل :PDF
سال انتشار :2015
زبان مقاله : انگلیسی
CLN025 یکی از کوچکترین پروتئین سریع تاشو است. تا به حال گزارش شده است که CLN025 مستقل می تواند به ترکیب بومی خود برابر در یک کلاسیک، تمام اتم و دینامیک مولکولی همدما-هم فشار (MD) شبیه سازی. در این گزارش تاشو مستقل و مکرر CLN025 از یک ترکیب کاملا کشیده شده ستون فقرات به ترکیب بومی خود در حلال صریح و روشن در چند 500-NS شبیه سازی MD در 277 K و 1 اتمسفر با این رویداد اولین تاشو رخ عنوان اوایل به عنوان 66.1 NS. این شبیه سازی با استفاده از AMBER مجبور مشتقات میدانی با جرم اتمی در اپل مکینتاش مزایا کاهش 10 برابر انجام گرفت. در مقابل، هیچ رویداد تاشو مشاهده شد که شبیه سازی با استفاده از اصلی نیروی AMBER زمینه های از FF12SB و FF14SB تکرار شد. نتایج نشان می دهد که شبیه سازی MD کم جرم یک تکنیک ساده و عمومی به منظور افزایش نمونه gurational باهم فی است. این روش ممکن است تاشو مستقل از طیف گسترده ای از پروتئین های مینیاتوری در کلاسیک، تمام اتم، و شبیه سازی MD همدما-هم فشار بر روی کامپیوتر-یک کالای گام مهم به جلو در زیست شناسی کمی انجام حرکت.